Publications 1999-2001

Date:: 1999-2001

Reference:: PP/CRI/M/2/3

Catalogue details

Licence: In copyright

Credit: Publications 1999-2001. Source: Wellcome Collection.

47/153

UJDLDüJr MUiil'ULMìÌ fection sont sans doute utilisées par le virus pour sa propre repro duction ou par la cellule pour se défendre contre le virus. Ce sont donc des cibles potentielles pour des médicaments antiviraux! En core £aut-il pouvoir les identifier en comparant le protéome de cellules avant et après l'infection. » C'est précisément ce que vient de faire son équipe, qui a mis en évidence 28 protéines dont la synthèse est accrue dans les cellules infectées plus, car nous n'avons travaillé que sur les seules protéines acides», précise le chercheur. Protéines acides ? On touche là un point crucial. Pour analyser le il faut recourir à un spectromètre de masse. Cet appareil bien connu des chimistes analyse la composi tion des protéines en mesurant leur temps de vol dans un tube traversé par un puissant champ électrique. Le temps de vol dans le tube est caractéristique de la composition en acides aminés (voir infographie ci-contre). une usine à protéines La méthode classique d'analyse des protéines reste longue et labo rieuse. Mais, au printemps 1999, Dennis Hochstrasser, de l'Institut suisse de bioinformatique à Genè ve, a décrit un dispositif, qu'il a baptisé scanner moléculaire, ca- étapes, d'où un rendement accru. ILe décryptage du protéome sera plus difficile que celui du génome protéome d'une cellule, il faut d'abord en séparer les consti tuants. Pour cela, on utilise la tech nique dite de l'électrophorèse 2D. Elle consiste à faire migrer les pro téines dans un gel, la vitesse de dé placement dépendant de la masse et de la charge électrique des pro téines. Après quelques heures d'ex- lu champ électrique, on te de tableau où les dassées en abscisse selon leur acidité et en ordonnée selon leur masse. Voici les pro téines séparées. Pour les identifier. Des protéines pour comprendre la maladie ,. » d'une protéine 78 ScieticeYie,. L'IDENTIFICATI! ■ Les protéines à analyser 1 d'abord séparées sous l'aq combinée d'un champ éiec et d'un gradient d'acidité C'est l'électrophorèse DES PROTÉINES À L'HEURE DE LA ROBOTIQUE Ce robot permettrait d'identifier des dizaines de milliers de pro téines par jour, soit dix fois plus qu'auparavant. Cette invention in téresse au plus haut point Celera Genomics, qui aimerait bien cou pler ce scanner moléculaire à la centaine de spectromètres de mas se dernier cri dont vient de l'équi per son actionnaire principal, le fabricant d'instruments scienti fiques Perkin Elmer. Craig Venter vient de rassembler 940 millions de dollars (deux fois le budget de l'INSERM) pour construire une électrique dans la troisièi traversent alors un feuill« imbibé d'une enzyme, la trypsine, qui va les déc en plus petits fragments Les fragments de protéir sont prélevés automatiqi par un bras de robot O e expédiés dans un spectro de masse 0 qui va déter la séquence d'acides am de chaque fragment en analysant le temps de vi dans l'appareil. L'analyse informatique 0 permettr de reconstituer la séquei de la protéine entière. usine protéomique, capable d'analyser 1 million de protéines par jour. Il s'agit de «constituer la plus grosse base de données sur les protéines de l'homme et de n'importe quel autre organisme», annonce le chercheur-industriel, qui se propose ensuite de vendre l'accès à ces données aux entre prises pharmaceutiques. Les recettes seront les mêmes que celles qui ont permis le succès dans industrielle, l'appareillage, gantesque effort de bio-informa tique pour la collecte et l'analyse des données. De la big biology adaptée à l'ère de l'informatique. Pour certains observateurs, le gi gantisme de Celera ne sera peut- que pour le génome. «Décrypter le génome était une tâche relative ment simple, répétitive et qui se prêtait bien à une organisation in dustrielle utilisant de puissants moyens informatiques», commen te Daniel Louvard, directeur scien tifique de l'Institut Curie. «Décryp ter le protéome est une tâche beaucoup plus variée où il faut fai re appel à des techniques multiples qui se prêtent mal, elles, à une or- î industrielle. Les grands s du type de Celera n'ont pas de sens si leurs résultats ne sont pas confrontés à des données ex périmentales sur la structure et la fonction de ces protéines. » Des di zaines de start-ups concurrencent Celera sur des microcréneaux du gigantesque marché de la protéo mique. La parisienne Hybrigenics, créée en 1997 par des chercheurs de l'Institut Pasteur, de l'Institut Curie et du CNRS, s'est par exemple spécialisée dans la des cription des interactions entre pro téines d'un même protéome. La so ciété BioXtal, installée à Roubaix en 1998, est spécialisée dans l'ana lyse de la structure tridimension nelle des protéines, qu'elle étudie grâce à une version automatisée de la cristallographie aux rayons X. manque d'unanimité Et le secteur public? Il avance pour l'instant en ordre dispersé. Cinq des plus grands laboratoires universitaires de New York vien nent par exemple de lancer leur Protein Initiative, un programme de cinq ans et 150 millions de dol lars consacré à l'étude de la struc ture des protéines. La Fondation européenne de la science prépare de son côté un rapport évaluant les compétences en protéomique du Vieux Continent. «Mais on ne sent pas le même engagement des pou voirs publics en faveur d'une coor dination internationale qu'au mo ment du lancement du programme génome humain», note Daniel Louvard. Les stratégies de re cherche et les priorités ne font pas encore l'unanimité. Cependant, un Human Proteome Project asso ciant laboratoires académiques et entreprises privées pourrait voir le jour d'ici à quelques années. Un premier colloque sur le sujet est pré™ en avril en Virginie. Le sous- titre du congrès (les gènes, c'était fa cile...) en dit long sur l'ampleur de la tâche à accomplir... ■ n loo» ■ janvier 2001 Science ¡/¡e 79

digitised image 1

digitised image 2

digitised image 3